BPImを下げるべく窓面積を小さくしたり断熱仕様を向上させると、一般的に空調の最大負荷は小さくなりBEImも小さくなる傾向にありますが、その傾向はBEImに反映されますでししょうか？

一般的にはご指摘どおりですが、省エネ検討WEBで事務所モデルで自動設定される設備情報については面積規模でZEB Ready相当の設備情報を設定していますので、外皮性能による設備調整はされないため、BEImに反映されません。